Le livre II commence sur la repentance et la mort de Boromir et ses funérailles sur une embarcation confiée aux chutes du Rauros, tandis que les deux hobbits, Pippin et Merry sont emmenés par des Orques vers Isengard , terres de Saroumane, à travers les plaines du Rohan. Aragorn, Legolas et Gimli se lancent à leur poursuite. Ces derniers rencontrèrent pendant leurs recherches les cavaliers de Rohan, une troupe, commandée par Eomer, le troisième Maréchal du Royaume de la Marche, qui venait d’anéantir nos Orques aux lisières de la forêt de Fangorn. Mais les hobbits réussirent à s’échapper dans la forêt et rencontrèrent un Ent (sorte d'arbre pouvant se déplacer), le maître de Fangorn. En sa compagnie, ils assistèrent à l’éveil de la colère des Gardiens des Arbres, les Ents, et à leur marche sur l’Isengard. Eomer fournit des montures aux trois membres de la compagnie et ils chevauchèrent jusqu’à la forêt. Là, tandis qu’ils cherchaient vainement les deux hobbits, ils rencontrèrent de nouveau Gandalf le mage, revenu de la mort et devenu le Gandalf le Blanc. Ils traversèrent avec lui le Rohan pour arriver à la demeure du roi Théoden, où Gandalf guérit le vieux roi et le libéra des sortilèges de Gríma "Langue de Serpent", son conseiller, secrètement allié à Sarouman. Ils partirent alors avec le roi et son armée contre les forces de l’Isengard et prirent part à la victoire de Fort le Cor. Gandalf les conduit alors à l’Isengard, où ils trouvèrent la grande forteresse réduite en ruines par les Ents, et Sarouman et Langue de Serpent assiégés dans l’indestructible tour d’Orthanc. Au cours des pourparlers, Sarouman refusa de se repentir. Gandalf le déposa de l’ordre des Mages et brisa son bâton, puis le confia à la vigilance des Ents. D’une autre fenêtre, Langue de Serpent jeta une pierre sur Gandalf, mais elle manqua son but et fut ramassée par Pippin. Elle se révéla être un palantír, l’une des pierres voyantes de Numénor. Au cours de la nuit, Pippin succomba à l’attrait de la pierre, et, l’ayant volée, il regarda dedans et fut révélé à Sauron.
C'est alors qu'arriva au dessus des plaines du Rohan un Nazgûl, Esprit Servant de l’Anneau monté sur un coursier volant, présage de la guerre imminente. Gandalf remit le palantír à Aragorn et partit, emmenant Pippin, vers Minas Tirith.
La deuxième partie du livre revient à Frodo et Sam, à présent perdus dans les collines d’Emyn Muil. On voyait comment ils s’échappèrent des collines et furent rattrapés par Sméagol (Gollum), et comment Frodon l’apprivoisa et triompha de sa malice, de sorte que Gollum les mena à travers le Mormarais et les Terres Arides jusqu’au Morannon, la porte du pays de Mordor. Arrivés là, il leur fut impossible d’entrer, et Frodo accepta le conseil de Gollum : chercher une « entrée secrète » qu’il connaissait, loin dans le sud, dans les montagnes de l’ombre, le rempart septentrional du pays noir. Au cours de leur voyage, ils furent pris par une troupe de reconnaissance des hommes de Gondor, commandés par Faramir, frère de Boromir. Celui-ci découvrit la nature de leur mission, mais résista à la tentation à laquelle son frère avait succombé et les laissa poursuivre leur voyage, vers Cirith Ungol, non sans les avertir du péril mortel qui hantait ce lieu, et dont Gollum n’avait rien dit. Au moment même où ils atteignaient la croisée des chemins et prenaient la voie menant à la terrible cité de Minas Morgul, une grande obscurité s’éleva du Mordor et couvrit tout le pays. Sauron envoya alors sa première armée, commandée par le roi de Morgul, chef des Esprits servants de l’Anneau : la Guerre de l’Anneau avait commencé.
Gollum conduisit les Hobbits à un passage secret qui évitait Morgul, et ils finirent par arriver dans l’obscurité à Cirith Ungol. Là, Gollum retomba dans le mal et tenta de les livrer à la monstrueuse gardienne du passage, Shelob. Sa traîtrise fut déjouée par l’héroïsme de Sam, qui repoussa l’attaque et la blessa. Cette seconde partie s’achève donc sur les choix de Samsagace, puisque Frodo, piqué par l’araignée, semblait mort selon toute apparence. Il avait le choix entre rester avec son maître et laisser la mission courir au désastre, ou l’abandonner. Il finit par prendre l’Anneau et entreprit d’achever seul la mission mais sans espoir, mais juste au moment où il allait passer en Mordor, deux troupes d’orques, l’une venant de Morgul, l’autre descendant de la tour de Cirith Ungol, vinrent vers lui et s’emparèrent du corps de Frodo. Invisible, Sam entreprit de les suivre et découvrit que Frodo était vivant, mais tardant à se mettre en route il ne parvint pas à les rattraper avant qu’ils soient trop tard, et entrés dans la tour. Ce livre s’achève sur un Sam désespéré sur le pas de la porte souterraine de la tour de Cirith Ungol.
